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宇宙邪恶生命体异形，是“诺斯特罗莫”号商业拖运飞船载着7名船员和2000万吨矿石从塞杜斯星球返回地球，飞船在途经一颗小行星时接收到了神秘信号，飞船电脑立即唤醒正在休眠的船员。公司上层命令“诺斯特罗莫”号在小行星着陆，船长达拉斯（汤姆·斯凯里特饰）、副船长凯恩）和领航员兰伯特下船调查信号来源，而准尉雷普利、科学官艾什、工程师布雷特和帕克则奉命留守，在飞船上监视进展和维修着陆时的受损部位。
达拉斯、凯恩和兰伯特发现信号来源于一艘外星飞船残骸，他们进入残骸内部，看到外星生物遗体的肋骨呈向外敞开状，与此同时，雷普利终于确定信号意味着一种警告。凯恩发现了一间蛋房，一枚蛋突然破裂，释放出的生物紧紧附着在凯恩面部。达拉斯和兰伯特将不省人事的凯恩带回飞船，可船员们无法将外星生物从凯恩脸上移开，只发现它的血液是一种强酸。最终，生物自行脱落，并被确认已经死亡。当维修工作完成之后，船员们开始动身返回地球。
凯恩终于醒来，看上去安然无恙，可在进餐之后，他突然窒息抽搐，一只异形从他的胸腔破膛而出。由于缺少常规武器，船员们尝试用高精度追踪器、电击枪和火焰喷射器捕获逃进船舱中的异形，达拉斯和布雷特相继丧生。兰伯特希望剩余船员能乘坐飞船搭载的宇宙穿梭机逃生，但雷普利知道穿梭机无法容纳四人。
雷普利从飞船电脑中发现艾什奉公司雇主之命将异形带回地球，甚至不惜全体船员的性命。一番殊死搏斗之后，帕克用火焰喷射器干掉了艾什，众人终于发现艾什竟是个机器人。在灰飞烟灭之前，艾什预言所有船员全都难逃一死。仅存的三位船员决定给飞船安装自毁装置并尽快脱身，但最终只有雷普利在异形的袭击中得以幸免，将异形抛入太空之后，开始返程之旅的雷普利逐渐进入了梦乡。
蕾普莉是首次探险任务遇到异形后的唯一生还者，她一直冬眠直到被救援队救回地球。当她睁开眼睛后，才发现自己已经冬眠了57年！
期间，人类已经移居到了异形所在的星球。蕾普莉知道后，马上向当局报告该星球上异形的情况，但却被当局认为要么精神不正常，要么谎话连篇。蕾普莉见当局对她的说话不予理睬，便决心不再涉足和异形有关的任何事。
果不其然，在那个异形所在的那个星球上定居的人忽然和地球中断了联系。这时当局才注意到蕾普莉之前汇报的情况，决定派出军队去营救。蕾普莉被说服参与营救行动，又一轮战斗展开了。
茫茫宇宙之中，雷普莉的飞船并没有返回地球。中途飞船突然出现意外，低温休眠舱在母船爆炸前脱离，坠落在一个阴冷黑暗的星球上。除了雷普莉以外，其他船员都死了，而残破的“主教”则被扔进了垃圾场。雷普莉在医生的救治下恢复了健康，并从他那里知道这里是费欧娜“复仇女神”161号行星，是地球的废弃矿井，已成为一个关押犯人的太空监狱。
现在受管制的有25个双染色体的凶犯，他们以霍士为首领，有一个共同信仰的神，这才不会闹事。然而随着雷普莉的到来，犯人们似乎产生了骚动，所以当一个人被神秘杀害后，管理人员认为是犯人出事。但雷普莉却有不祥的预感。她从飞船上拿回了电脑芯板，并将主教找了回来，通过主教的程序了解了飞行记录。
果然是异形的侵入导致了飞船出事，而现在它又跟着低温舱一起来到了复仇女神161号上。管理人员并不相信雷普莉所说的异形的一切，但恐惧马上变成了现实，异形已长成，开始到处出没，随意杀人。然而在施行精神管制的监狱没有一件武器可以用来对付异形，很快一半以上的人被杀。
雷普莉感到身体不适，经过电脑的生物测试，可怕的事发生了：在她体内还有一只雌性异形正在成长。公司收到了报告，派人前来。这一消息让雷普莉更加紧张。她终于说服了人们不要消极等待公司来人，因为公司要的只是异形，而不是其他人的安全。在巨大的牺牲之后，异形终于在高温冷却后被炸成了碎片。面对赶到的派遣队，雷普莉并没有落入阴谋之中。她抓住已经破体而出的异形投入了高温熔炉与异形同归于尽。
美国军队在“御夫座”星球上安置了一个太空探测站，这里曾经活跃着一群由雷恩和格迪曼“克隆”出来的异形，其中有一个名叫雷普利的女人，她便是两百年前异形女皇怀胎后生下并被克隆的异形人。雷恩和格迪曼拿莱帕利作异形种类的研究，一艘叫“贝蒂”的宇宙飞船正运送一批被麻醉后冻僵的地球人到“御夫座”的星球上去，他们是被诱拐来的，准备去孵化异形女皇生下的许多蛋。
在“贝蒂”飞船上有个名叫考尔的年轻女人，她想办法要破坏孵化异形蛋的计划，当她来到雷普利的大本营，发现异形已被移走。在“御夫座”上工作的许多军官和科学工作者都被异形杀害了。雷普利具有两面性，她同情并帮助考尔，一同抗拒洪水侵入，并制服了准备运作地球的异形人。
在南极圈厚厚的冰层下面一直潜伏着我们未知的危险，它们静静潜伏，蓄势待发，直到人类的脚步将它们唤醒。
亿万富翁查尔斯·维兰德通过自己的热能成像探测卫星，发现在南极圈冰下几千英尺深处埋藏着一座远古的金字塔形神庙，根据推算，这座阿兹台克神庙的建筑年份应该在埃及人建筑金字塔之前。为了验证自己的发现，查尔斯组建了一队由莱克斯·伍德领导的精英探险队前往南极进行考察。