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第二代与前一代一样，仍然以两个少女的形象出现。她们绑架了一个叫“团”的男孩。其拥有瞬间移动的能力，并且两手能发出电流使人麻痹。妄图利用间谍照相机和艾雷王改变地球的气候，使其变成温室气体充斥的地方。因为楠原博士在从事高性能太阳能研究工作即hS-powER，妨害了匹特星人，被视为眼中钉。和赛文奥特曼曾在大气层外交战，利用太阳光线的巨大激光曾经打败了赛文奥特曼。不过第二次在赛文奥特曼补充能量后失败。艾雷王被打倒后，她们绑架了“团”作为人质，逼迫奥特警备队投降。不过在赛文奥特曼的帮助下，两人最后被集束光线打败。
戈德拉星人，企图摧毁地球防卫军极东基地的宇宙侵略者。其种族拥有高度的智能，有着为达成使命甘愿自我牺牲的高度忠诚性，但将抵抗他们的地球人则会被扔到宇宙空间、欣赏抵抗者的死相，这一做法也充分暴露了戈德拉星人残虐的心性。
7名以上的戈德拉星人来到地球，用反重力烟雾掳走了两艘原子动力船和海上保安厅的调查船，更将前来调查的地球防卫军的原子力船·马克斯号也运到了宇宙空间中，借此转移奥特警备队的注意力。与此同时，戈德拉星人的其中一个体拟态为女性，袭击了诸星团并夺走了奥特眼镜，以确保赛文奥特曼不会干涉他们的侵略计划。
戈德拉星人集团占据了马克斯号，劫持了船上人员，还扣押了来宇宙里搜救的古桥队员。戈德拉星人中的一个拟态为古桥的样貌回到地球防卫军基地，趁基地注意力在搜索宇宙时，进入地下动力室安装定时炸弹，炸毁极东基地。诸星团看破了戈德拉星人的伪装，但反被对方关进戈德拉胶囊中无法行动。
就在戈德拉星人的计划顺利进行时，马克斯号上的天城队员逃回了极东基地，将戈德拉星人的侵略计划告知了众人。同时，拟态为女子的戈德拉星人个体因为自负大意，被诸星团趁机脱身并夺回了奥特眼镜。诸星团变身为赛文奥特曼展开反击，拟态为女性的戈德拉星人被杀，另一个体巨大化挑战赛文奥特曼也败阵身亡。随后，赛文奥特曼将定时炸弹带到马克斯号上，接连打倒船上的其他戈德拉星人，救出了古桥、索加和竹中参谋，剩下的戈德拉星人也在马克斯号的爆炸中全灭，侵略计划宣告破产。
宇宙虾人·比拉星人，自称是“宇宙主宰”的狂妄宇宙人，开发了“时间停止光线”，拥有能将对象目标时间停止的可怕能力。比拉星人侵略地球的第一步，是用时间停止光线袭击天才科学家·汤岛博士的专机，在时间停止时将所谓“比拉星人的心灵思想”植入汤岛博士体内进行洗脑，在汤岛博士到达地球防卫军基地时，由古桥则担任汤岛博士的护卫，夜间比拉星人将时间停止启动操控，在汤岛博士的装置上做手脚，命令他以此破坏远东基地的雷达站。
阴谋得逞，雷达站被破坏导致功能瘫痪。比拉星人又操控汤岛博士破坏飞鹰号，诸星团发现阴谋，阻止了汤岛博士的行动，反被诬陷入狱。比拉星人出动飞船舰队攻击地球，奥特警备队全体出动迎战，诸星团见情况危急，在狱内变身为赛文奥特曼越狱，击晕了汤岛博士后前往支援奥特警备队，击落了比拉星人的飞船。比拉星人巨大化来和赛文奥特曼作战，使出毒烟、光线等技能攻击赛文奥特曼，但都被赛文奥特曼破解，最后被赛文奥特曼的头镖斩杀。比拉星人的飞船舰队也被奥特警备队全歼，飞船坠落在比拉星人的残骸上爆炸，全部烧成灰烬。受比拉星人控制的汤岛博士后来也被解除了洗脑，重获自由。
放浪宇宙人佩盖萨星人，他们的科技发达，计算能力超强。最大的特点就是可以制造被称为“黑暗区域”的异空间来达到隐藏或保护的目的。在自己的母星被毁后就一直在被称为“佩盖萨太空城”的外星空间站居住。
其中一只身受负伤的佩盖萨星人利用“黑暗区域”来隐蔽在安奴的宿舍里，被正在照镜子的安奴发现，后来诸星团和佩盖萨星人化解误会，但是佩盖萨星人不愿意透露关于佩盖萨星人的秘密。但是后来才透露出自己是佩盖萨星人，其母星爆炸后就一直在“佩盖萨市”居住。由于动力系统受损，“佩盖萨市”被地球引力所吸引，即将撞上地球。他们向地球防卫军请求地球改变轨道，但由于地球人无法做到，地球防卫军不得不摧毁了佩盖萨星人的“佩盖萨市”。
在“佩盖萨市”被摧毁后，留在安奴宿舍里的佩盖萨星人却不知情，以为“佩盖萨市”即将撞上地球而决定要摧毁地球，后来与诸星团对峙，并利用能够摧毁一颗行星的定时炸弹冲向地球的地核处来引爆炸弹，但是被赛文奥特曼的头镖击败后逃到了阴影处。最后赛文奥特曼将定时炸弹带向太空后，而佩盖萨星人下落不明。
休拉索星人，当初囚犯303号，是从治安极差的休拉索星监狱中逃到地球上的一个残暴的杀人犯，遭到休拉索星联邦警察的全宇宙通缉。休拉索星人303号乘坐小型宇宙艇逃亡到地球，降落在三矢峠附近的森林里，杀害了发现自己的两名猎人。因为喜欢以汽油为食，休拉索星人303号袭击了加油站并又杀害了三个人，在吞食完汽油后逃走。奥特警备队前往调查，发现了他的小型宇宙艇并将之炸毁，休拉索星人303号无法离开地球只能继续潜伏。
V3太空站的破译专家水野，破译了休拉索星发来的电波，内容告知了关于休拉索星人303号囚犯的情况。地球防卫军派出3000人的军队全城搜捕休拉索星人303号，但他仍顶风作案地袭击了油罐车，在杀害三名警察后潜入市区，更加威胁到一般民众的安全。奥特警备队借电视台发布紧急警报，休拉索星人303号将计就计，通过袭击普通住户而引来奥特警备队，趁机用催眠术控制劫持了安奴队员，潜入地球防卫军基地，偷走了奥特飞鹰β号，妄图逃跑。