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故事是这样的：
一个从外太空来到地球的人型生命体，打算灭亡人类，意外的是地球的生命之源——生命之泉给予这个称之为基诺巴的外星生命体致命打击，因此灭亡人类统治地球的计划没有成功。（我只看过这电影，如果说还有什么前传什么的我不知道，反正我在网上最终幻想电影就只搜出来这个和美国版的那个。所以有些情节是靠我自己猜测弥补上去的，如果有什么错误还请包涵。）地球上的神罗公司发明了把生命之泉化为能量的方法，因此人类生活得很富有；但也有人认为使用生命之泉会使这个星球减少寿命，于是反对神罗公司开发生命之泉。
神罗公司得到了基诺巴的遗体，将她强大的细胞融合在人类身上从而诞生了神罗战士，神罗公司使用神罗战士对那些反对他们的人进行武力镇压。
赛菲罗斯是一个很优秀的神罗战士，但后来他发现他只是神罗公司研究出来的战争机器，之后就开始憎恨一切，因为他实力十分强大，神罗公司的人和其他反对者们作出了很大牺牲才埋葬掉赛菲罗斯。
两年过后，地球的战争虽然结束，但整个地球成为废墟，而且有许多人中了基诺巴细胞病毒，称之为星痕症侯群。拥有基诺巴遗传思念体的卡哒吉、牙兹、罗兹三人来到神罗公司所在的城市寻找基诺巴细胞，也就是他们所说的“母亲”
神罗公司的社长露法乌斯邀请以前同样是神罗战士的克劳德担任他的保镖，但被克劳德所拒绝。去教堂寻找克劳德的蒂法（貌似克劳德前任女友的妹妹，并且暗恋克劳德。）和玛琳遇上了同样来找克劳德的牙兹，一番打斗后牙兹掳走了玛琳，并且顺手带走了一箱能量球。神罗公司的社长此时也骗过来“拜访”的卡哒吉。
在城市里宣扬可以治好星痕症侯群的罗兹带走了所有患上了星痕症的儿童，玛琳的好朋友德赛尔也在其中。
克劳德从神罗公司返回教堂时发现昏倒的蒂法，这时他的星痕症也发作，被神罗公司的保镖雷诺和鲁德救回，经过询问知道了卡哒吉一伙带走了城市里所有的星痕症儿童，于是去营救。结果为了顾及儿童加上对手是三人被打得很狼狈，最后被文森特所救，玛琳也趁这时跑回了克劳德身边。
第二天卡哒吉一伙准备在神罗纪念碑里找“母亲”最后在神罗社长手上得到了基诺巴细胞，在逃跑的过程中追来的克劳德打败了三人，在大斗中生命之泉从地底涌出，将所有人的星痕症治愈，最后卡哒吉与“母亲”融合变成了赛菲罗斯，克劳德经过激烈的战斗终于消灭赛菲罗斯。