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却说西王母回到天庭后，便令百官各司其职，提拔亲信，排除异己，很快便将天庭的动乱荡平，而昊天转世的人间界，此时却也是一片欣欣向荣。
人族历经天、地、人三皇的治理，生活水平有了很大的提高，不再是巫妖大战后那般的落后，渐渐呈现出大兴之兆，有了些天地主角的样子。
轩辕统治人族五十二年，根据日月星辰的移动规律结合自己所学著成《黄帝内经》一书，此书包括《素问》八十一篇和《灵枢》八十一篇，各有九卷。
此书一成，有神农氏自火云宫而来，告之其功德圆满，当将人皇之位传下，然后去火云宫清修，黄帝闻言大喜，便召集大臣，宣布让位之事，命众臣推举新皇。
有大臣推荐轩辕之孙颛顼，言颛顼少有贤德，可执掌人族，众大臣纷纷附议。轩辕听后点头应允，便命众人准备传位之事。
三天后，轩辕按前两任人皇的规矩先是祭拜圣师、圣母、太上老君，然后便在洪荒人族的见证下，将人皇之位传给了自己的孙子颛顼。
就在轩辕将人皇之位传于颛顼之后，伏羲、神农两位圣皇坐着龙辇从天而降，笑着对轩辕道：“恭喜皇弟功德圆满，证得人皇之位，可与我等同去火云宫修行。”说完便让出半片座位邀轩辕同坐。
轩辕行礼道：“劳烦两位皇兄前来，轩辕不胜惶恐。”说完便登上龙辇与伏羲、神农同往火云宫飞去。
就在轩辕登上龙辇的刹那，一道功德携带鸿蒙紫气从天而降，同样将轩辕的修为提升到准圣后期。又有数十道功德落于洪荒各处，被当年相助轩辕的众仙所得。
由于缁衣氏不欲参与人族内斗，因此所得功德却是不及前两位帝师，在人族三祖中修为最低，只有准圣中期修为。
至于阐教十二金仙由于诛杀普通人族太多，不但未有丝毫功德降下，反而惹下了无边因果。
轩辕此次证道却是奉命将崆峒印与轩辕剑一起带走，只将九龙星辰冠传下，自此三皇时代结束，人族步入五帝时代。
自那时起，人皇中非有大功德者，难入火云宫修行，只可享受人间富贵。后人认为神农有火德，故尊其为炎帝；轩辕有土德，尊其为黄帝，后世之人皆以炎黄子孙自称。
辅佐五帝虽有功德，但却远远无法与教导三皇相比，何况有了十二金仙这活生生的例子，元始天尊却是再不敢轻易派出弟子；通天教主却是毫无顾忌，不断派出弟子下界，渐渐在人族中留下了不小的名声。
却说颛顼接任人皇后，号高阳氏，鼓励百姓养殖各种庄稼牲畜以充分利用地力，推算四时节令以顺应自然，依顺鬼神以制定礼义，理顺四时五行之气以教化万民，洁净身心以祭祀鬼神。
颛顼在位时，还进行了一次重要的宗教改革。曾被黄帝征服的众多小部落，普遍祭拜各种各样的小鬼小神，颛顼强令他们顺从炎黄部的教化，只祭祀圣师圣母太上老君及各位人族先贤并十二生肖等帮助过人族的大神，取缔了对各类鬼神的祭祀，这一改革促进了族与族之间的融合。
颛顼在位七十八年，传位于高辛，是为帝喾。帝喾生来就很有灵气，他耳聪目明，可以了解远处的情况，可以洞察细微的事理。他顺应上天的意旨，了解下民之所急。
帝喾治民，像雨水浇灌农田一样不偏不倚，遍及天下，凡是日月照耀的地方，风雨所到的地方，没有人不顺从归服。
帝喾去世以后，其子挚继承帝位，可是帝挚却没什么突出的政绩。帝挚九年，挚亲率官员到唐将帝位禅于放勋，放勋继帝位，帝号尧。
尧与百姓同甘共苦，发展农业，妥善处理各类政务，把天下治理得井井有条，受到百官与普通民众的拥戴。
尧继位之初，天文历法还不完善，百姓经常耽误农时，因此尧就祖织人员总结前人的经验，根据日月的出没、星辰的位次，制定历法，谨慎地教给民众从事生产的节令；根据日月星辰运行等天象和自然物候来推定时日，测定四季；又以月亮一周期为一月，太阳一周期为一年，一年定为三百六十六天，又用置闰月的办法来校正春夏秋冬四季。
尧到年老时，听从众人的推荐，把舜作为继承人来培养，并把自己的两个女儿娥皇和女英嫁给舜，考察舜的为人，并让舜代替自己处理政事，借以观察他做天子是否合天意。
帝尧后期，洪荒突发大水，人民苦不堪言，帝尧询问一众大臣道：“汤汤洪水滔天，浩浩怀山襄陵，下民其忧，有能使治者？”
众臣皆曰非鲧不可治，帝尧点头应允，让鲧去治理洪水。
鲧知道帝尧命自己治理水患后笑道：“若欲治好水患却是举手之劳，尧实是大材小用。”众人皆笑之
鲧自到任后便领着众人开始治理水患，那鲧却是只知堵不知疏，东边有水便堵东边，西边有水便堵西边，如此这般东堵西决。此堵彼溢，鲧忙碌了九年也不曾将水患治理。
最后舜代行天子之责，将鲧斩杀于羽山，以惩罚他没有治理好水患，并接受众人的建议，派鲧的儿子大禹继续治理水患。
大禹在得到任命后，便立即与益和后稷一起视察河道，召集天下百姓前来协助。他检讨鲧失败的原因，决定改革治水方法，变堵截为疏导，亲自翻山越岭，淌河过川，拿着工具，从西向东，一路测度地形的高低，树立标杆，规划水道。
大禹带领民工走遍各地，逢山开山，遇洼筑堤，要将洪水引入大海。禹为了治水，费尽脑筋，不怕劳苦，从来不敢休息，可大禹要面对的不仅是洪水和高山，更有伴随大水而来各种精怪。
这一日，大禹治水来到了桐柏山附近，突然只见淮水上狂风大作，电闪雷鸣，淮水好像被一股不知名的力量驱使着，风浪大作。
片刻后，便见淮水之上一阵翻腾，一头水怪浮了上来。只见那水怪面目像一头巨猿，高达百丈左右，一双厉爪泛着金光，口鼻中不时有腥水流出，污秽难闻，使人不敢靠近。这水怪却正是那太古水猿无支祁。此猿善于变化，力敌九龙，且善于控水，据说控水之术比之共工也不差多少。
紫府洲内，“水”字大殿中，正在讲道的沈醉突然微微一笑，自言自语道：“赤尻马猴现世，却是合该做我弟子！”言罢对身下听道的孙袁吩咐道：“孙袁！替师叔去桐柏山将你师弟带来！”
袁觉闻言六耳微动，却是早已发现了桐柏山上的赤尻马猴，当下赶忙兴奋道：“弟子遵命！”言罢一个筋斗破空而去。
“水”字大殿中，沈醉尚未重新讲道，便见女娇的身前突然出现了一根铁棒与一杆巨斧，接着便听悠悠一声长叹传来，“女娇的情劫到了！下山应劫！”
女娇闻言深施一礼，“谢师祖指点！”言罢向沈醉与众位师弟告辞，亦是向桐柏山而去。