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庆典真的是很热闹，如果不是因为即将到来的麻烦，小智也很想去玩一下，要知道前段时间不是训练就是挑战，再要么就是和自己的小精灵们沟通，没有一刻闲下来的时候。现在好不容易可以专门去玩一下子了，结果还要做“苦力”！
不过，小智摸着脖子上的项链，心中默默地想着：火焰鸟，不要担心，我很快就会过来救你了！
而就在祭典如火如荼的举行之时，世界各地的天气开始发生这奇怪的变化。
真新镇大木博士正在与花子妈妈开心的聊天的时候，突然天空下起了雷雨，吸盘魔偶魔魔赶紧给花子妈妈撑伞。紧接着，天空又开始飘起了雪花，弄得大木博士十分诧异：“现在是夏天，怎么好好的下起了雪花？”话刚说完，天空又突然放晴了，两个人一只小精灵，困惑的看着天空，以为刚才是幻觉。就在这个时候，突然远方飘起了一阵烟尘，等大木博士看清楚的时候，才发现是一大群地鼠正在迁徙，弄得博士十分的狼狈……
这样的地方还有很多，但是最为奇怪的就是，亚西亚岛以及三座神鸟庙宇所在的岛屿周围的海水流动开始发生着奇特的变化，附近的船只几乎无法靠近，一旦靠近，就会被汹涌的潮流给卷走。
祭坛附近一个不知名的岩洞里，一只河马王长叹一口气：“越来越麻烦了……”
世界的变化，终于引起了各地的关注，内木博士、大木博士都受邀去调查事情发生的原因，纷纷搭乘直升机前往亚西亚岛，担心小智的花子妈妈也跟着一起来了。远在城都的渡，在看到报道之后，也知道小智说的事情真的发生了，让快龙加快了飞行的速度……
就在众人纷纷汇聚亚西亚岛的时候，亚西亚岛上的祭典终于开始了。
芙罗拉在众人惊讶的目光中出场了，穿上了巫女服的她，看上去还真有点那么回事，让人完全想不到她平时那新潮的样子。
“当天怒地怒，世界即将走向灭亡的时候，”芙罗拉一边念着祭典台词，一边翩然起舞，“海之神就会出现，只有找到一个优秀的指挥者，才可以平息众神的怒气……”
“小智先生，”芙罗拉走到面前说道，“如果你真的是我们所说的优秀指挥者，你就拿出证据，证明我们已经找到你……”
“什么证据？”小智知道是什么东西，也配合的说出台词。
“就是前往三座岛屿拿取宝物，然后将它们放到主岛上面的祭坛里，你就完成你要做的了，然后我就会吹响众神的信奉之笛就可以了。”说完这些，芙罗拉行了一礼，“就是这些，是不是很简单呢？”
“好的，那我马上就去！”说完，小智便起身急匆匆的向外面跑去。
“喂，小智……我们这有船可以送你过去，不用这么着急，只需要在明天结束之前完成就可以了……哎，真是个急性子……”
“可能小智是想快点结束之后，和小精灵们一起去玩吧，”小霞觉得有些奇怪，但还是帮小智解释着，“我看到小智把自己所有的小精灵都叫过来了，大概是想好好的放松一下子吧……”
“是这样吗？我总觉得有哪里不太对劲……”一边记录一遍插言的小建有点呆呆的说。
“小建！”你怎么可以拆我台！小霞怒视着小建，吓得小建冷汗直冒。
“呵呵……”芙罗拉看到这个场景不由笑了起来。
会场依旧一片欢乐，殊不知一场世界的风暴就要来临了……
“火之神，雷之神，还有冰之神，是绝对不可以侵犯的！”岩洞里的河马王叹了一口气，“为什么这么伤脑筋呢？”
【你好】小智的河马王来到了河马王的面前。
“你是？”
【我的训练家正在前往三座神庙取回宝物，我在这里负责指挥小精灵，以免有人或者小精灵前来阻挠】
“你的训练家就是拯救世界的优秀指挥者么？”河马王十分的惊讶。
【不清楚，不过我们会全力以赴的！】
“既然这样，那我也去帮忙好了！”
【嗯】
天气越来越坏，跟着小智过来的火箭队也在这种天气下放弃了他们的潜艇，来到了岸边。而这个时候，小智也坐上了白海狮，向第一座岛——闪电鸟神庙所在地游去。
“咦，那不是小鬼头么？他这种天气跑出去是干什么？”喵喵奇怪的说。
“不知道，”小次郎打了一个哆嗦，“不过现在我只想要喝一杯热茶！”
“阿嚏——”武藏打了一个喷嚏，“我也是，快点上去吧，作战计划随时可以进行！”
说完，三个人一起窝进了附近的一架快艇之中，在里面的起点之中取暖。只是没有想到的是，芙罗拉担心这种天气小智会出问题，决定前去阻止小智继续这个仪式，把这加快艇开了出去，让火箭队三人组躲在船舱里心惊胆战的。
而另一边，小智乘着白海狮，在水流喷射的辅助下，很快的到达了目的地，在他面前的，则是一座神庙。神庙的楼梯蜿蜒曲折，如果要是平时走上去，恐怕会浪费不少的时间。小智现在最赶的就是时间，自然不打算这么做。
“比雕，麻烦你了，波克基斯，前面护航！”小智放出了自己让大木博士传来的两只小精灵，登上了比雕。比雕振翅而飞，在凛冽的风雨之中，自由的翱翔。而在他的前面，波克基斯不断的用着保护、神秘守护等绝招抵御风暴，并且改变气流，让比雕能够借助顺风，更快地飞上去。
很快的，小智他们便到达了山顶，比雕一个急停，然后迅速的向着神庙终点——闪电鸟的石像冲去。
小智在快要到达地面的时候，向上一跳，稳稳的降落。向四周环视了一下，发现了闪电鸟石像的嘴里，叼着一颗黄色的蕴含雷电力量的珠子——正是小智这次来的目的，三件宝物之一。
“皮卡丘，你稍微注意一下，如果感觉到了大量的雷电力量，就提醒我——那估计就是闪电鸟要过来了。”
“皮卡~丘！”皮卡丘点点头，表示没问题。
“比雕、波克基斯，我们走吧，白海狮还在底下等着我们呢！”
“比——比~”“波克——叽咕~”
利用相同的方法，小智迅速的与白海狮碰头了，然后继续向着火焰鸟所在的岛屿游过去。而寻找小智的芙罗拉一行人，则正好与小智错过了，反而在神庙里与火箭队的人吵闹了一番。
而当小智到达了火焰鸟的神庙之后，突然感觉自己的项链上面的羽毛开始发出红光，与石像嘴里的那个宝物遥相呼应。
“这就是火焰鸟所说的守护力量啊，看来三只神鸟在各自的神庙附近有着特殊的优势啊！”不过，小智感叹完了还是赶紧去做正事——拿取宝物。
当他拿下来之后，突然感觉到一股十分温暖的力量遍布全身，而周围的力量似乎隐隐可以被自己控制。
就在小智愣神之际，皮卡丘突然大叫起来了。
“糟了，闪电鸟过来了，我们赶紧离开！”小智迅速的收回比雕和波克基斯，向着蜿蜒的楼梯跑过去——现在闪电鸟要从天而降，直接从那里飞走恐怕不是个好主意。
闪电鸟感受到了小智等人的气息，正要追上来，突然一道红色的屏障挡住了闪电鸟前进的路。见状，闪电鸟还以为是火焰鸟回来了，于是不停的鸣叫，说自己是跑来占地盘的，要是还想要这座神庙，就出来决斗。
火焰鸟被抓，自然是不可能过来的。闪电鸟叫了一阵子之后，自然知道情况有些不对，于是再次寻找小智等人的气息，想要驱逐这些侵犯了自己新地盘的人和小精灵。
楼梯真的是不好走，但是同样的，闪电鸟硕大的身形也无法进来，所以大怒的闪电鸟不断地使用者打雷绝招，弄得小智身后的墙壁和天花板全部塌陷——要不是小智的脚步快，只怕也要被埋进去。有几次眼看着就要被击中，还是皮卡丘使用充电绝招挡了下来，再反攻回去，否则小智早就性命不保了——雷神的打雷绝招，可不是一般的电气系小精灵可以比拟的。
而岸边的白海狮，看着天空的闪电鸟恐怖的攻击，一个激灵，钻进了海水之中。虽然现在白海狮已经基本上可以独当一面了，但是其实年龄也没有多大，加上本身属性对于电的害怕，使得他完全没有面对闪电鸟的勇气，更不提闪电鸟神兽的威压了。
不过，小智他们还没有下来，白海狮并不想抛下自己的训练家，依旧在海中四处游弋，并且用上了液态水环，一面突然发生什么事情，让自己措手不及，耽搁了小智的任务。
而小智在惊险刺激的奔跑之中，终于到了山脚下，眼看着就要逃出闪电鸟的攻击范围了，而另一边赶过来的小霞小建和芙罗拉几人，也开始向小智打招呼了。
只要离开这座岛屿，闪电鸟便不会再攻击了，小智也只需要登上小霞他们的船前往急冻鸟的神庙所在岛屿就可以了。想必此刻，闪电鸟还没有功夫去占领第三座岛屿。
事情进行到此处，似乎已经有了转机。
但是，突然不知道从何处射出来的三个圆环装置，打破了这一局面。
吉尔露太，终于出现了！