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郭药师过河后，立即攻取滑州，接着率骑兵先遣部队紧随何灌之后，一路追击。等郭药师追至氾水，何灌之兵又望风惊溃。何灌无奈，只好率剩余兵马退还至京师。
何灌入城请求觐见，欲禀报梁方平逃跑之事。由于朝廷当时正处于纷乱之际，根本顾不上追查黄河失守之事。宋钦宗也没时间见他，只是令他控守京城西隅。
金兵渡过氾水之后，击鼓而壮行，浩浩荡荡，气势震天，大队骑兵劲旅朝着东京城奔袭而来。沿途府县纷纷派人火速入京禀报，“中外震动”。
宋钦宗获报后，为应对非常之变，立即对领导机构作了调整。首先撤销亲征行营使一职，改任李纲为御营京城四壁守御使。接着免去白时中太宰职务，任命李邦彦为太宰兼门下侍郎，张邦昌为少宰兼中书侍郎，赵野为门下侍郎，王孝迪为中书侍郎，蔡懋为尚书左丞、同知枢密院事。吴敏继续担任枢密院使，耿南仲由签书枢密院事升迁为尚书左丞。
同时，宋钦宗向全国诸路各派出一名身边内侍，让他们代表朝廷，督促诸路帅臣，赶紧率勤王之兵入京增援。
从正月初五宋钦宗御临宣德楼那天开始，李纲正式受命，全面负责部署东京城防务。他深知自己肩负重任，不敢有丝毫怠慢。他采用百步法分兵，将外城城墙分为东西南北四个防区，每一防区派出一万两千余人作为正面作战部队，另外还配有保甲、民兵、厢军等辅助队伍。对这四个防区，李纲各安排一名皇帝宗室成员与一名武臣共同担任防区提举官，又各安排一名皇帝侍从官进行督察。各个城门是防御重点，李纲皆派遣宦官担任使臣，按职务大小“分地而守”。
同时，李纲下令全城军民积极行动起来，全面开展备战，修楼橹，挂毡幕，安炮座，设弩床，运砖石，施燎炬，垂檑木，备火油，凡是防守所需之器械，都做了充分准备。
另外，李纲还迅速召集了马军与步军四万余人，将他们分为前后左右中五军，每军八千人，并建立了统制、统领、将领、队将等组织体系，每天进行军事训练，以提高军事素质和战斗力。
李纲安排前军驻扎在通津门外，以保护城内粮仓--延丰仓，仓库里有豆粟四十余万石。后来勤王之师集结于东京城外，多亏有这批粮食做军粮。后军驻扎在朝阳门外，控制樊家冈一带较浅的濠河，使敌人骑兵不敢接近城墙。而左、右、中军都驻扎在城中，作为战略预备队，以备缓急之用。
东京城作为首都，是北宋的政治、经济、文化中心，也是军事重地。东京城由外城、内城和宫城三部分组成，城防工事主要分布在外城，而且修筑得很坚固。外城四面城门共有14座，其中水门有7座。各水门跨河设有铁栅闸门，每到晚上，都要放闸闭门，以防敌人沿河潜入城内。城门是交通运输的主要出入口，也是防守与出击的重点。每座城门口都设置有圆形或方形的瓮城，以加强城门入口的防护。瓮城之上设有战棚，供守城士兵防御和休息之用。外城城墙每隔六七十步设有一座马面，马面突出于城墙之外，可以交叉射击，保护城墙不受敌军破坏。大约每隔二百米设有一座库房，内藏各种武器和军需品。为加强城防，在外城周围还开挖了一条护城河，河两岸栽有榆树柳树，也能给攻城敌军构成障碍。
正在全城军民积极备战之际，太学生陈东忽然又上书。他上书不是建言如何抗击金兵，如何保卫东京。他关注的不是外患，而是内忧。他在奏章中说：“臣窃知上皇已幸亳社，蔡京、朱勔父子及童贯等统兵二万从行。臣深虑此数贼遂引上皇迤逦南渡，万一变生，实可寒心。盖东南之地，沃壤数千里，其监司、州县官，率皆数贼门生，一时奸雄豪强及市井恶少，无不附之。近除发运使宋焕，是京子攸妻党。贯昨讨方寇，市恩亦众，兼闻私养死士，自为之备。臣窃恐数贼南渡之后，假上皇之威，振臂一呼，群恶响应，离间陛下父子，事必有至难言者。望速追数贼，悉正典刑，别选忠信可委之人，扈从上皇如亳，庶全陛下父子之恩，以安宗庙。”
陈东的担忧不能说没有道理。当时，不仅童贯率三千胜捷军追随宋徽宗南下，而且，高俅也带领三千禁卫军出城追赶宋徽宗而去，二人为争当宋徽宗扈从差点打了起来。
陈东这份奏章说出了一部分大臣的心中所忧，也说到了宋钦宗隐隐不安的心坎上。宋钦宗阅后“然之”。但宋钦宗心里清楚，眼下还顾不上处理这些内忧问题，金军即将兵临城下，当务之急是解决外患问题。
正月初七，宗望率金军骑兵到达东京城外。他们没立刻展开攻城，而是直奔京城西北郊，抢占一个名叫牟驼冈的地方，并在那里安营扎寨。
牟驼冈乃北宋天驷监即孳生马监之所，就是养马的一个地方，那里养有两万余匹马，库房里的粮草饲料更是堆积如山。而且，那里地势险峻，三面环水，如同沙洲，背靠雾泽陂可作屏障。占据此地，易守而难攻。
抢占牟驼冈，很显然是郭药师建议并引导而去的。几年前，郭药师来东京觐见宋徽宗时，宋徽宗曾安排人陪郭药师在此打过几场马球，所以，他对那里的情况比较熟悉。金军占据此地可谓一举两得，一得地利，二得军需，为即将进行的攻城战打下了良好的物质基础。
这天，东京城内所有城门全部关闭，全城实行戒严，守城官兵在各自阵地上严阵以待。而城外，方圆数百里之内，百姓纷纷离家逃难。有些不法之徒便趁乱结伙为盗，在路上拦截抢劫，有的甚至还诈装成金人。在城门关闭前，有数万居民从东水门跑出城去，他们扶老携幼，沿着汴河而跑，不幸遇到这些歹徒们的袭击，“杀掠者几半”。歹徒们在城外放火焚烧房屋，光焰烛天，连夜不止。城里的人以为那是金人干的，所以都很恐惧。