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“神奇宝贝联盟是真正热爱神奇宝贝的人们互相切磋战斗的地方。圣火，火焰鸟的火焰在守护着我们，各位神奇宝贝训练家，请光明正大，做出绝不留遗憾的战斗吧！”
本届的关东联盟终于开赛了，为了能将mega进化更好的融入到当今的联盟比赛中，联盟的高层经过多次商讨最终决定废除原有的赛制，新赛制采取积分制，具体的规则如下－
首先第一部分－擂台赛
两边选手事先决定好要出场的三只神奇宝贝，并不要求出场顺序，两边训练家可根据场上的变化自行决定要出场的神奇宝贝，但只能是事先决定好的三只中的一只，不可以使用携带的其他神奇宝贝，胜利者可获得三分。
第二部分－团队赛
两边各自派出两只神奇宝贝进行团队赛，不允许更换神奇宝贝，当其中一方两只神奇宝贝全都失去战斗能力比赛结束，胜利者可获两分。
第三部分－个人赛
两边各自派出一只神奇宝贝进行一对一的对决，胜利者可获得两分。
积分规则
第一部分附加分规则：
擂台赛：擂台赛的胜利者除去原本可获得的三分之外，还可额外获得附加积分，积分规则为，如胜方场上剩余神奇宝贝数量大于一则可根据剩余神奇宝贝的数量进行加分。如剩余两只则加两分，剩余三只加三分，剩余一只不加分。
团队赛：团队赛的胜利者除去原本可获得的两分之外，同样也还可以获得额外的附加积分。如两只全部在场则加两分，如只有一只在场则不加分。
团队赛的时间加分规则：比赛中将根据战斗的时间对胜利的一方进行加分。如结束时间在五分钟之内则加一分，结束时间在三分钟之内则加两分，结束时间在一分钟之内则加三分，超过五分钟不加分。
第二部分－积分判定
根据三场比赛后两边训练家所获得的积分来决定最终的胜负，如出现平分则进行附加赛。附加赛将随机从两边选出一只神奇宝贝，进行一对一的对决，对决中可第二次使用mega进化。
mega进化规则
比赛中两边训练家只能让一只神奇宝贝进行mega进化，可让多只神奇宝贝携带mega进化石，不要求事先决定要进化的神奇宝贝，但最终进化的只能有一只，训练家可根据场上的变化让神奇宝贝进行mega进化。附加赛上取消对mega进化的限制规则，可以让第二只神奇宝贝进行mega进化，但只允许在附加赛上进行第二次mega进化。
场地规则
每一轮的比赛中都会随机生成场地，不同的场地都会对神奇宝贝产生不同的影响
比赛场地包括草之场地，水之场地，冰之场地，岩之场地，高温场地，沉默场地，黑暗场地以及光之场地。
预赛规则
每一名参加预赛的训练家都会从水、岩、冰、草四种场地中随机抽取三场进行比赛，每一场都会随机从团队赛、擂台赛、个人赛三种不同的赛制中抽取一种赛制进行比赛，胜利者进行下一场的比赛。