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在神奇宝贝研究学院重新遇到小智等人，智辉就算是想把他们甩开，也暂时没有机会，只好等着到枯叶市，再把小智甩开。
不过带着小智，智辉也的确感觉到了一丢丢的不方便。
遇到好的神奇宝贝，不好意思跟弟弟抢。
然后这一路上吧，还真就遇上了几只好的神奇宝贝。
不是别的，就是动画里的妙蛙种子、小火龙、杰尼龟，小智的元老御三家，后期战斗力，一个比一个过分，智辉看的心动，可是结果，自然是一只都没抓地给了小智这个到现在都还没有凑齐六只神奇宝贝的家伙。
不过，因为智辉加入的缘故，剧情还是发生了不小的变化，动画里，小智收服了杰尼龟军团的老大，然后剩下四只留在当地成立杰尼龟消防队。
可是因为智辉插一手的缘故，老大还是给小智收服了，可是剩下四只也没留下来，小霞小刚各要一只，小次郎也手快地抢了一只，最后一只，送给科拿了。
你说，为什么智辉不收服啊？
杰尼龟老大，江湖方丈哥一心跟着小智，你让智辉收他手下，以后两兄弟比试，各自放出神奇宝贝，然后智辉的杰尼龟还没打，就先敬个礼，鞠个躬，说声老大好？
那样子，智辉这个做哥的面子在哪里？
果断放弃，以后如果想要的话，再去橘子群岛的水箭龟王国抓一只卡咪龟不更靠谱？
一路上走走停停的，一行人总算是走到了正辉灯塔。
“哥，这就是你目的地啊？正辉博士，是个怎么样的博士啊？很厉害吗？”小智道。
“厉害当然厉害，能当的上博士这两个字的，就没有差的，至于这个人怎么样吗？你见了面就知道了。”智辉想起正辉的特殊爱好，表情古怪道。
走到灯塔前面，智辉朝站在门口和里面的正辉通信，大门自动打开，一群人走入其中，第一次来的小智三人组好奇地东看看西看看，紧接着高台上忽然一道光芒爆发，一个一人高的化石盔坐在上面。
“这是什么神奇宝贝啊？”小智一脸惊讶道。
“这是化石神奇宝贝化石盔吧，相传不是已经灭绝了吗？”小刚也惊讶道。
“以后你们多走走就会发现化石盔这玩意，其实压根儿没灭绝，另外这货也不是化石盔。”智辉表情古怪地看着“化石盔”道，“正辉，你这cosplay的爱好还没有玩腻啊。”
“什么cosplay，我这是用神奇宝贝的方式生活，然后用心体验神奇宝贝。”高台上的化石盔也就是正辉反驳道。
“穿上神奇宝贝的皮套就是用神奇宝贝的方式生活啦？别开玩笑啦，另外，你每次穿皮套容易，脱下来难，现在坐在上面没动，是不是脱不下来了？”智辉一副看透你的表情。
“知道了，就快点上来帮我，解开皮套的按钮在背后，化石盔的手伸不到。”正辉道，虽然是求人帮忙，但显然没有求人的态度。
“我真的很好奇，你平时一个人到底是怎么活下来的。”智辉一边埋怨着，一边到上面帮正辉解开皮套。
“正常活下来咯，还有智辉，我厨房里还有些面，你能不能帮我做份炒面啊，被困在皮套里面这么久，我肚子有点饿了。”正辉道。
“你这家伙是把我当保姆了吧。”智辉嫌弃地看了眼正辉，然后熟门熟路地走向厨房，准备做饭。
“小智，智辉大哥对神奇宝贝研究学院很熟悉，对这里好像也很熟悉，你知道他到底熟悉多少个地方吗？”小霞看着智辉熟练的行动，忍不住偷偷问小智道。
“这个，我也不知道诶。”小智尴尬道，他就忙着和小茂斗嘴了，别的事情，真没怎么观察。
小霞一副绝望表情，心里暗暗发狠，以后有事都不问小智，反正都是毫无意义的。
“你就是智辉的弟弟小智吧，看来你哥还真不炫耀，就让我来给你说说你哥在关东学术界的地位吧，从这里越过白银山到达城都地区尽头，所有的博士都是你哥的朋友，基本上你报上一句，你哥是智辉，看在你哥哥的面子上，大家都会给你提供一定的帮助。”正辉道。
“我哥（智辉大哥）这么厉害的吗？”小智三人组难以置信地看着正辉道。
“没错，其实也不止是关东和成都，还有芳缘、神奥这些地方，智辉也很熟，只不过没有这边这么密切而已。”科拿道。
“原来智辉大哥这么厉害的。”小刚一脸崇拜道。
“关都学术界上，老一辈最权威的是大木博士，而年轻一辈的领军人物就是你哥哥智辉。说起来，他明明是我学弟来着，现在研究上比我的强些，而且全面的过分，从妖精属性，到神奇宝贝进化，再到人与神奇宝贝和谐相处，最后还研究古代神奇宝贝。”正辉抱怨道。
“那还不是因为你成天研究那个神秘的神奇宝贝，差点完不成联盟每年规定的要求。”智辉的声音从厨房里响起。
“那是一只独一无二的神奇宝贝，就算等上十年，我也要等到他。”正辉兴奋道，“这个星球形成大概有四十六亿年，关都地区发现已知的有一百五十只神奇宝贝，但是还有无数不为人知的神奇宝贝，作为研究者，我们的使命要把它研究出来。”
“独一无二的神奇宝贝？”小智好奇道。
“没错，独一无二的神奇宝贝，你是训练家，需要收服更多的神奇宝贝，而我就要等待那一只的神奇宝贝。”正辉眼神中带着股狂热道。
“对，让我们为着彼此的目标一同前进，我要收服更多的神奇宝贝，超越小茂。”小智激情澎湃道。
“小智，你给我闭嘴吧你，你是神奇宝贝训练家而不是饲育家，要那么多神奇宝贝，你顾得过来吗？到时候，疼爱了新收服的，冷落了以前收服的，伤害了神奇宝贝，什么结果，你想过吗？记得，对多数神奇宝贝来说，训练家就是他们的全部。小茂比你冷静，比你学识渊博，你要是能有小茂一半的知识，你现在就是精英级别的训练，但是唯独收服神奇宝贝这方面，别跟他乱学。”智辉端着碗炒面走出来道。
“这样啊。”小智不好意思道。
“你以为呢？小茂现在收服了四十五只的神奇宝贝，一出门收服这么多，不说重复的，就说小拉达这样的神奇宝贝，小茂怕是一辈子都不会用上两次。”智辉道。
“哥，可是你不是说没有弱小的神奇宝贝，只有弱小的神奇宝贝训练家吗？”小智道。
“没错，只要训练家培养得够好，倾注足够多的资源，即便表面弱小的神奇宝贝也有非凡的战斗力，曾经就有一个训练家用一只拉达用必杀门牙解决过一只班吉拉，但这是因为那只拉达是从小陪他一起到大，投了不知道多少的资源，实际上一般训练家求快，在有资质更好的神奇宝贝的情况下，通常是不会训练一般的神奇宝贝的。而你吧，除了皮卡丘之外，我看你万物都可放生。”智辉道。
“皮卡”皮卡丘兴奋地叫了声。
“那正辉博士说的神奇宝贝是什么神奇宝贝啊？在海边，是水系神奇宝贝吗？”小霞问道。
“不知道，那是一只独一无二，而且无比巨大，可能是世界上最大的一只神奇宝贝。”
正辉接过智辉的炒面，飞快地吃着，等三五口吃完之后，才走到门外道：“没有人真正见过那只神奇宝贝，但是已知的是，那只神奇宝贝正为了寻找自己的同伴，而徘徊全世界。”
“难道那只神奇宝贝没有家人或情人吗？”小霞道。
“就是因为没有才徘徊啊。”正辉道。
“正辉，不要说得这么武断，你不知道，怎么知道没有？如果说没有的话，就不会寻找，只能说失散。”智辉道。
“也对，总之啊，那是一只很神奇的神奇宝贝，有一天，我就从大海对面听到一种奇怪的声音，我的第一感觉是‘我好想你，好想你’，然后我就建造了这个灯塔，把这个声音记录下来并传播回去，然后在某个白雾的一天，我就又听见了，应该是‘我想见你，我想见你’的意思，于是我肯定，在某一个白雾的一天，他会过来见这个失散的同伴。”正辉道。
“你是想要收服吗？”小智问道。
“收服它干什么呢？我只是想要见到它，只要见到了它，就等于认识了整个世界。”正辉道。
“不过，正辉啊，我想说，你考虑过那只神秘神奇宝贝的心思吗？如果是我，找了一个世界的同伴，然后发现有人骗我，我会毫不留情地弄死他。”智辉道。
“会吗？我没想欺骗他啊。”正辉后知后觉道。
“但你做了这样的事情。”智辉耸了耸肩。
“老大，对面有一个很大的黑影。”小次郎忽然叫起来道。